Alınan kararlar ve bu kararların uygulanması sırasında Türkiye'de siyasi, idari, hukuki ve toplumsal alanlarda yaşanan değişimlere neden oldu. Yaşananlar, post-modern darbe olarak da adlandırıldı.

 
PENBEGÜLLÜ SÜRECİN KURBANI OLDU
 
Süreç sırasında Gebze’de önemli gelişmeler yaşandı. Mayıs 1999’da yaşanan bir başka olay nedeniyle Gebze Belediye Başkanı Ahmet Penbegüllü cezaevine girmişti. Meclis toplantısı sırasında İstiklal Marşı’nın okunduğu sırada Fazilet Partili meclis üyeleri ile Başkan Ahmet Penbegüllü’nün ayağa kalkamadığını ileri süren DSP’li meclis üyeleri suç duyusunda bulunmuştu. Bunun üzerin açılan davada Penbegüllü hakkında tutuklama kararı çıkmıştı. Penbegüllü Gebze Cezaevi’nden o dönemin parası ile 2 milyar TL kefaletle serbest bırakılmıştı. 
 
GÖZALTINA ALINDI
 
24 Nisan 2001’de Gebze Belediye Başkanı Ahmet Penbegüllü bir toplantıda iken İstanbul Emniyet Müdürlüğü KOM ekipleri tarafından gözaltına alındı. Penbegüllü önce eski kültür merkezinin otoparkında bulunan sivil polis aracına götürüldü. Araç içinde sivil polisler Penbegüllü’nün kravatını, kemerini, ayakkabılarının bağcıklarını çıkarttırdı. Daha sonra sorgulanmak üzere İstanbul Emniyet Müdürlüğü’ne götürüldü.
 
TOPU DGM’YE ATTI
 
İçişleri Bakanlığı Müfettişi Candan Eren soruşturmasını tamamlayıp topu DGM’ye attı. İstanbul DGM’de Candan Eren’in hazırladığı raporlara göre 24 Nisan 2001’de Ahmet Penbegüllü başta olmak üzere 39 kişiyi gözaltına aldırdı. Daha sonra bu sayı Gebzespor yöneticileri ile Gebze Güreş İhtisas Kulübü yöneticileri ile birlikte 80 kişiye ulaştı. İstanbul Emniyet Müdürlüğü’nde Ahmet Penbegüllü, Belediye Başkan Yardımcıları Necmi Özen, Arif Alpaydın, Mahmut Yandık ve birim müdürleri ağır işkenceden geçti. Penbegüllü ve öteki kişiler 28 Nisan 2001’de İstanbul DGM'ye sevk edildi. Savcılıkta sorguları yapılan 11 kişiden 5'i serbest bırakılırken, Penbegüllü ile yardımcıları Arif Alpaydın, Mahmut Yandık ve Avukat Ahmet Cezmi Şekul tutuklanarak Kartal Cezaevi'ne konuldu.
 
DGM BERAAT VERDİ
 
Haksız ve hukuksuz gözaltı süreci ile birlikte Ahmet Penbegüllü ve öteki kişilerin avukatları da Danıştay’a başvurarak, yargılama ve gözaltıların hukuksuz olduğuna yönelik olarak bir başvuru yaptı. Danıştay 2. Dairesi, 2001/1360 esas 2001/2459 sayılı kararı ile soruşturma ve yargılama kararını iptal etti. İşin skandal tarafı ise  Danıştay bu kararı verirken yargılanamaz dediği kişilerin hepsi cezaevindeydi. Ardından ise davaya bakan İstanbul DGM tarafından 2001/316 esas 2003/328 nolu kararı ile beraat kararı verildi. Sonuçta Candan Eren’in bilgileri ile haksız ve hukuksuz olarak yargılanan Ahmet Penbegüllü ve 39 kişi hakkında hiçbir suç olmadığı ortaya çıktı.
 
HASTALIKTAN VEFAT ETTİ
 
Ahmet Penbegüllü 6 Haziran 2002’de ise İçişleri Bakanlığı tarafından görevine iade edildi.  Penbegüllü 2004 yılına değin görevine devam etti. Bu sırada amansız bir hastalığa yakalandı. 31 Ağustos 2007 yılında kan kanseri tedavisi gördüğü Yeditepe Üniversitesi’nde 57 yaşında vefat etti.