Karlov'un 3 Ekim 2013'te düzenlediği basın toplantısında Suriye'deki El Kaide varlığına ilişkin şunları söylemişti: "Allah’a şükür Suriye’de değil Türkiye’de Rusya büyükelçisiyim. Suriye’de muhalif gruplar ve terörist gruplar arasında çatışmaların arttığına dair bilgileri okudum. Çok kaygı verici bir husus. Rusya ve Türkiye’nin tutumları Suriye konusunda tam olarak birbiriyle örtüşseydi bu güzel olurdu. Ama böyle olmadı. Şu veya bu uluslararası sorunun çözümünde tutumlarımız farklı olabilir. İlişkilerimiz bu sınavı geçti çünkü bu farklılıklar ilişkilerimize olumsuz etki yaratmıyor. Suriye bizim için bağımsız ve barış dolu bir ülke olarak gerekiyor. Komşularına tehdit kaynağı olmamalı."